Héritière du service de la justice militaire, la division des affaires pénales militaires est dirigée par un officier général, magistrat de l'ordre judiciaire détaché auprès du ministre de la défense pour exercer des fonctions judiciaires militaires.

Cette division est constituée d'une administration centrale et de services extérieurs administratifs et juridictionnels dont le fonctionnement est assuré par des magistrats de l'ordre judiciaire détachés ainsi que par des militaires de carrière appartenant aux corps des officiers greffiers et des commis greffiers.

Elle est chargée de toutes les questions relatives aux affaires pénales militaires, notamment de la préparation des avis du ministre de la défense sur les poursuites susceptibles d'être engagées à l'encontre des militaires, de la participation à l'élaboration des textes législatifs et réglementaires relatifs au droit pénal et à la procédure pénale militaires et du traitement des demandes d'expertise juridique émanant des autres services du ministère de la défense. En outre, elle assure la gestion des personnels d'active et de réserve de la justice militaire, ainsi que l'organisation et le fonctionnement de l'administration centrale et des services extérieurs.